透過測定では、フィルターやビーム形状など、セットアップにフレキシビリティが求められる場合が少なくありません。この点においてファイバーベースの顕微鏡よりフリービームセットアップによる顕微鏡の方が優れています。

attoCFM IVはフリービームにより共焦点顕微鏡attoCFM Iとサンプル下にファイバーベースのattoCFM IIIを組合せたものです。このセットアップであれば、少なくとも励起光側かシグナル光側のどちらかをフリービームで行うことができます。

同時に試料は3軸の粗動機構があり、下側の対物レンズにも3軸の自由度を持ちます。また試料には追加のxyスキャナーを付けることもできます。